本校は、「国際バカロレア（IB）クラス」と「特別進学クラス・総合進学クラス」の２つのクラスを設置しています。
国際バカロレア（IB）クラスについて
2016年にスイスのジュネーブに本部がある国際バカロレア機構が提供している国際的な教育プログラムを導入し認定されました。 国際バカロレア（IB)は、多様な文化を尊重し、グローバルに活躍する人材を育成することが目標としています。また、これからのグローバルな社会の中で、問題意識を持ち、解決するための「考える力」や「協働する意欲」を育成するための教育プログラムです。International BaccalaureateからIBと表記・呼称されることもあります。国際バカロレアには、Primary Years Program（PYP 小学校）、Middle Years Program（MYP 中学校）、Diploma Program（DP 高校)とあり、本校において小学校でPYPを、高校でDPを導入しています。
ディプロマプログラム（DP）
16歳～19歳を対象とした教育プログラムであり、DPのカリキュラムを2年間履修します。英数学館高等学校には、英語でディプロマを取得するクラスと、日本語でディプロマを取得するクラスがあります。
DPのカリキュラムを学ぶことで、生徒は生涯学習者として成長し、グローバルリーダーとしての高い資質・能力を身につけます。また、学習者が他の人々と協働して生涯学び続けるために、その力を引き出します。従来の受け身で画一的な教育モデルから離れて、実用的な能力と人間的成長に焦点を当てた授業を展開しています。DPのカリキュラムを経て取得したIBの認定資格は、大学でも高く評価されていて、海外の大学だけでなく国内の大学入試でも活用されています。国立・私立問わず、IBの認定資格を活用した入試制度もあり進路選択の幅が広がっています。例えば、北海道大学、筑波大学、岡山大学、鹿児島大学、上智大学、国際教養大学、国際基督教大学などがあります。
特別進学クラス・総合進学クラスについて
IBクラスの他に、本校では特別進学クラスと総合進学クラスを設定しており、生徒自身が行きたい大学や進路に対して最大限のサポートをしています。
特別進学クラスと総合進学クラスでは、社会とつながる探究型プログラムを多数用意しており、生徒が自分だけの「好き」や「ワクワク」を軸にした探究活動へ参加するようコースを設計しています。
本校のクラス設計理念について
建学の理念：
建学の理念自らの天分を最大限に伸ばし
日本古来の醇風美俗を重んじ
小中高一貫の優れた教育によって英知を養い
新しい時代の人間として
国際社会に貢献する人材を養成する
知徳体の調和をはかり
豊かな品性と健康な身体を養う
建学の理念に「新しい時代の人間として、国際社会に貢献する人材を養成する」の一節がありますが、世の中の変化が速くAIなどのテクノロジーの進化によって予測が難しい不確実性の高まった時代がまさに新しい時代であり、英語だけできれば国際社会に貢献する人材とはすでに言えなくなりました。
本校では、自分の「好き」や「ワクワク」を軸にした自分が本当にやりたいと思える探究活動とそのアウトプットを通じて、真に「国際社会に貢献する人材を養成する」ことをコース設計の理念としています。